Apache2でCGI版のPHPを動かしている場合、httpd.conf や .htaccess での 「php_value include_path “…”」は効かない様子。
試しに、ポートでPHP5(モジュール版)、PHP5(CGI版)、PHP4(CGI版)と分け、同じディレクトリを参照する様に設定して、ディレクトリ上の.htaccessでphp_value の設定をしたところ、正しく反映されたのはPHP5(モジュール版)だけでした。
PHPソース上でやれば正しく動くらしいですが、.htaccessでなんとか設定できないものか考え中・・・